کیست‌ها کیسه‌های کوچک حاوی هوا، مایع، مخاط یا دیگر موادند و گاهی در ناحیۀ واژن تشکیل می‌شوند. اغلب کیست‌ها درد و یا علامتی ندارند و به‌صورت تصادفی در لمس و معاینه کشف می‌شوند. البته وقتی کیست بزرگ شود، ممکن است هنگام نزدیکی یا راه رفتن درد ایجاد کند. کیست‌های واژن در صورتی خطرناک می‌شوند که عفونی شوند و به آبسه تبدیل شوند.
کیست واژن معمولاً یکی از چهار نوع زیر است:
کیست غدۀ بارتولین: این غده‌ها در دو طرف دهانۀ واژن قرار دارند و مایعی ترشح می‌کنند که لب‌های بیرونی واژن را مرطوب می‌کند. کیست‌های غدۀ بارتولین روی این غدد تشکیل می‌شوند و حاوی مایع‌اند.
کیست ورودی: این کیست‌ها که شیوع زیادی دارند، در بخش تحتانی دیوارۀ واژن ایجاد می‌شوند و بسیار کوچک‌اند. کیست وروردی اغلب از به دلیل آسیب‌های موقع زایمان یا جراحی شکل می‌گیرند.
کیست مولرین: این نوع از کیست که حاوی مخاط است، می‌تواند در هر قسمتی از واژن ایجاد شود. کیست مولرین که بسیار شایع است، به دلیل انباشت مایع پس از تولد نوزاد در بدن شکل می‌گیرد.
کیست مجرای گارتنر: مجاری رشد جنین به‌طور طبیعی پس از تولد نوزاد از بین می‌روند. اما اگر از بین نروند، ممکن است در طول زمان به کیست‌های واژن تبدیل شوند.